Der Historische Hafen Berlin sammelt und erhält seit 1990 diverse Museumsschiffe, u.a. mehrere historische Fahrgastschiffe, einen großen Heckradschlepper und zahlreiche Maßkähne. Ca. 17 große und kleine Museumsschiffe werden im neuen Museumshafen ein neues Zuhause finden. Alle Museumsschiffe des Historischen Hafens Berlin sind fahrbereit und werden z.T. für kulturelle, soziale und gastronomische Zwecke genutzt. Der Theaterkahn Berlin, sowie das Ausbildungsschiff vom Verein Lisa e.V. zählen ebenso dazu wie das älteste Fahrgastschiff Berlins, die Heinrich Zille.
„Heinrich Zille“, das älteste historische Personenschiff in Berlin bietet als ehemaliges Dampfschiff bei verschiedenen Anlässen den Gästen eine besondere Atmosphäre. Regelmäßige Fahrten mit Kulturveranstaltungen sowie Charterfahrten (Hochzeiten mit Trauungen an Bord, Familien- und Firmenfeiern, Reisegruppen mit Sonderführungen zur „Wasserstadt“ Berlin oder zur Berliner Architektur am Wasser, Abendfahrten mit großem Buffet für Tagungsteilnehmer) sind bei den Gästen und Veranstaltern sehr beliebt.
„Kurier“, ein nachträglich motorisierter Großplauermaßkahn fährt mit entsprechender Zulassung auf Flüssen und Kanälen, wird an verschiedenen Liegeplätzen unter anderem als Ort für Sonderausstellungen (ca. 300 m/2 Fläche) für kulturelle (max. 400 Personen) und gastronomische Veranstaltungen (max. 200 Personen) für Präsentationen und kleine Messen u. ä. genutzt. Der Maschinenraum mit einem großen 8-Zylinder Zweitaktdieselmotor und entsprechenden Nebenaggregaten kann im Zuge von Gruppenführungen ausführlich besichtigt werden.
„Helene“ ein historischer Saalemaßkahn mit Holzlukendeck wurde im Inneren zu einem Theater mit 99 Besucherplätzen umgebaut. „Die Company“ als professionelle Berliner Theatergruppe zusammen mit Gastspielgruppen bietet in der Sommersaison ein attraktives Programm mit Comedy und Classic. „Helene“ wird ergänzend als Hafenkino für Dokumentar- und maritime Spielfilme genutzt. Das Schiff hat ein funktionsfähiges traditionelles Segelrigg und kann zu besonderen Anlässen jederzeit die Berliner Gewässer befahren.
Schulklassen und Jugendgruppen können auf dem Jugendbildungsschiff „Horst Günther“, ein historischer Finowmaßkahn, übernachten. 30 Schlafplätze in 2- und 4-Bettkabinen, Sanitärräume, einem großen Mehrzweck- und Seminarraum mit angeschlossener Gemeinschaftsküche bieten für junge Berlinbesucher Aufenthaltsmöglichkeiten in einer maritim geprägten „Wasserwelt“ der Stadt. Zusammen mit L.i.S.A. Land in Sicht – Ausbildungsprojekte e.V. und anderen Bildungsträgern werden hier Wochen- und Wochenendseminare durchgeführt.
„Jesenicky“ ein großer historischer Heckradschlepper bietet den Hafenbesuchern unterschiedliche Erlebnismöglichkeiten: das kleine Schiffsrestaurant „Deckshaus“ lädt zu Getränken und kleinen Gerichten im Gastraum und auf dem offenen Deck ein. Die besonders beeindruckende Antriebstechnik (großer 6-Zylinder-Dieselmotor, ein 9m breites Schaufelrad am Heck des Schiffes) wird im Rahmen von Führungen erläutert, in einer „Messe“ im Unterdeck werden Hochzeiten und Geburtstage gefeiert. „Jesenicky“ ist fahrfertig und kann die Berliner Gewässer befahren.
„Frohsinn“, als Zeitzeuge der kleineren für die Brandenburger Flüsse und Seen typischen Ausflugsschiffe (Max. 100 Personen) wird überwiegend von privaten Veranstaltern gechartert und kann wegen seiner geringen Größe auch auf schmalen Kanälen (z. B. Fontane-Fahrten auf dem Rhinkanal u. ä.) eingesetzt werden. Berlinbesucher und Teilnehmer an Familienfeiern sind interessierte Gäste bei den Fahrten mit Führungen zu unterschiedlichen Themen (Binnenschifffahrtsgeschichte, Berlin ist aus dem Kahn gebaut, Berliner Industriekultur u. ä.).